Imagej Stack Glidande Medelvärde

Konverterar en hypervolume tillbaka till en stapel skivor. Producerar en enda bild som innehåller bilderna från en stapel som visas i ett nätformat. Detta kan vara användbart för visuella jämförelser av en serie bilder lagrade i en stapel. En dialogruta gör det möjligt att ange förstoringsnivån (Skalfaktor) där bilderna kopieras och för att välja layout för det resulterande rutnätet (Colums, Rows. Första skivan. Sista skiva. Ökning). Med ImageJ 1,35m eller senare, markera Använda förgrundsfärg för att dra gränser och etiketter i förgrundsfärgen och fylla tomma områden med bakgrundsfärgen. Använd Montage Shuffler-verktygsmakroverket för att omordna bilderna i montaget. Rekonstruerar en eller flera ortogonala skivor genom bildvolymen representerad av den aktuella stapeln. Innan du använder det här kommandot, skapa ett rakt eller rektangulärt urval för att ange var rekonstruktionerna ska utföras. En dialogruta låter dig ange Z-Spacing (förskjutning mellan skivor) i källvolymen. Flera skivor rekonstrueras och sparas som en stapel om du skapar ett rektangulärt urval eller ställer in skivbredd större än en. Bilder skapas genom att prova varje skiva i stapeln längs linjen. Således tas den första pixeln i varje rad i utmatningsbilden från början av linjen och den sista från slutet. I det fall där skivbredd är större än en skapas en stapel genom att flytta linjen ner och till vänster för att generera ytterligare skivor för utmatningsstacken. Denna plugin och ZProject plugin. Bidrog med Patrick Kelly och Harvey Karten från University of California, San Diego. Projektar en bildstapel längs axeln vinkelrätt mot bildplanet (den så kallade z-axeln). Sex olika projektionstyper stöds. ZProject-kommandot skapar bildnamn i formuläret XXXstack, där XXX är AVG, MAX, MIN, SUM, STD och MED och stack är namnet på stapeln. Genomsnittlig intensitetsprojektion matar ut en bild där varje pixel lagrar medelintensitet över alla bilder i stapel vid motsvarande pixelplats. Maximal intensitetsprojektion (Max) skapar en utdata bild vars vartenda pixlar innehåller det maximala värdet över alla bilder i stapeln vid den specifika pixelplatsen. Minimal Intensitetsprojektion (Min) skapar en utdata bild vars vartenda pixlar innehåller minimivärdet över alla bilder i stapeln vid den specifika pixelplatsen. Sumskivor skapar en riktig bild som är summan av skivorna i stapeln. Standardavvikelse skapar en riktig bild som innehåller standardavvikelsen för skivorna. Median skapar en bild som innehåller medianvärdet av skivorna. Genererar en animationssekvens genom att projicera genom en roterande 3D-datamängd på ett plan. Varje ram i animationssekvensen är resultatet av att utgå från en annan synvinkel. För att visualisera detta, föreställ dig ett fält av parallella strålar som passerar genom en volym som innehåller ett eller flera fasta föremål och slår en skärmorienterad normal mot strålningsriktningen. Varje stråle projekterar ett värde på skärmen eller projiceringsplanet baserat på värdena på punkter längs dess väg. Tre metoder finns tillgängliga för beräkning av projektionerna på detta plan: Närmaste punkt, ljusaste punkten. Och medelvärde. Valet av projektionsmetod och inställningarna för olika visualiseringsparametrar bestämmer hur både ytor och interiörstrukturer kommer att visas. Denna rutin skrevs av Michael Castle och Janice Keller vid University of Michigan Mental Health Research Institute (MHRI). Infoga bild Dialog Välj närmaste punktprojektion för att skapa en bild av ytorna som är synliga från den aktuella betraktningsvinkeln. Vid varje punkt i projiceringsplanet passerar en stråle normal till planet genom volymen. Värdet på den närmaste osynliga punkten som strålkampen lagras i projiceringsbilden. Brightest Point-projektionen undersöker punkter längs strålarna och utprover den ljusaste punkten som uppträder längs varje stråle. Detta kommer att visa de ljusaste objekten, till exempel ben i en CT (computed tomographic) studie. Medelvärdesprojektion, en modifiering av ljusstark projicering, summerar värdena på alla genomskinliga punkter längs varje stråle och projekterar deras medelvärde. Den producerar bilder med mjukare kanter och lägre kontrast, men kan vara användbara när man försöker visualisera objekt som ingår i en struktur med större ljusstyrka (t ex en skalle). Slice Spacing är intervallet, i pixlar, mellan skivorna som utgör volymen. ImageJ projekterar volymen på visningsplanet vid varje Rotation Angle Increment. Börjar med volymen roterad av Initial Angle och slutar när volymen har roterats av Total Rotation. Parametrarna nedre och övre genomskinligheten bestämmer öppenheten i strukturerna i volymen. Projektionsberäkningar har bortseenden med värden som är mindre än det lägre tröskelvärdet eller högre än det övre tröskelvärdet. Inställning av dessa gränsvärden tillåter att bakgrundspunkter (de som inte hör till någon struktur) är osynliga. Genom att ställa in lämpliga tröskelvärden kan du avlägsna lager som har rimligt likformiga och unika intensitetsvärden och markera (eller göra osynliga) inre strukturer. Observera att du även kan använda ImageAdjustThresold för att ställa in transparensgränserna. Ibland är placeringen av strukturer med avseende på andra strukturer i en volym inte klar. Opacitetsparametern tillåter visning av viktade kombinationer av närmaste punktprojektion med någon av de andra två metoderna, vilket ofta ger observatören möjlighet att se inre strukturer genom genomskinliga yttre ytor. För att aktivera den här funktionen, ställ in Opacitet till ett värde som är större än noll och välj antingen Medelvärde eller Brightest Point-projektion. Djupgående signaler kan bidra till den tredimensionella kvaliteten på projektionsbilder genom att ge perspektiv på projicerade strukturer. Djupcueing-parametrarna bestämmer huruvida projicerade punkter som kommer nära tittaren visas ljusare, medan punkter längre bort dimmas linjärt med avstånd. Avvägningen för denna ökade realism är att datapunkter som visas i en djupgående bild inte längre har noggranna densitometriska värden. Två typer av djupgående cueing finns: Surface Depth-Cueing och Interior Depth-Cueing. Surface Depth-Cueing fungerar endast på närmaste punktprojektioner och närmaste komponent i andra projektioner med opacitet påslagen. Inredning Djup-Cueing fungerar bara på ljusaste punktprojektioner. För båda typerna är djupcueing avstängd när den är inställd på noll (dvs 100 intensitet bakåt till 100 intensitet framför) och är på när den är inställd på 0 ltn 100 (dvs (100 n) intensitet bakåt till 100 intensitet framför). Att ha oberoende djup-cueing för yta (närmaste punkt) och inredning (ljusstark punkt) möjliggör fler visualiseringsmöjligheter. Kontrollera interpolera för att generera en temporär z-skalad stapel som används för att generera projiceringen. Z-skalning eliminerar luckorna som ses i projicer av volymer med snittavstånd större än 1,0 pixlar. Det här alternativet motsvarar att använda Skalpluggin från TransformJ-paketet för att skala stapeln i z-dimensionen av snittavståndet (i pixlar). Den här kryssrutan ignoreras om skivavståndet är mindre än eller lika med 1,0 pixlar. Plottar ROI-valet betyder grått värde mot skivnummer. Kräver ett urval. Animerar den aktiva stapeln genom att upprepade gånger visa sina skivor (ramar) i följd. Använd Stop Animation. Eller klicka med musen för att sluta. Öppna dialogrutan Animationsalternativ för att ange animationshastigheten. Mer än en stapel kan animeras i taget. Som en genväg trycker du på backslash-tangenten () för att starta eller stoppa animeringen. I ImageJ 1.38 och senare trycker du på alt plus backslash för att öppna dialogrutan Animeringsalternativ. Avslutar animeringen av den aktiva stapeln. Tryck på backslash-tangenten som en genväg. Använd den här dialogrutan för att ställa in animationshastigheten i ramar per sekund, sätt in den första ramen och den sista ramen (1.38 eller senare) eller aktivera oscillerande animering (Loop Back and Forth). I ImageJ 1.38 eller senare kan du trycka på alt plus backslash (alt) för att visa denna dialogruta. Guiimagestacks. txt middot Senast ändrad: 20100126 11:07 (extern redigering) Yttrande: Vad bryter 200-dagars glidande medelvärde för aktier betyder verkligen CHAPEL HILL, NC (MarketWatch) Brottet i det 200-dagars glidande genomsnittet innebär aktiemarknaderna större Trenden har officiellt avstått. Dess brådskande som vi upptäcker, sedan Dow Jones Industrial Average DJIA, -0.38 stängdes förra veckan under denna avgörande tekniska nivå och SampP 500 SPX, -0.27 gjorde det igår. Faktum är att vissa tekniska analytiker anser bryta sig under 200-dagars glidande medelvärde för att vara officiell slutet på en tjurmarknad. Så, åtminstone enligt denna definition, var nu på en björnmarknad. (Den vanliga definitionen är en 20 eller mer nedgång.) Situationen är kanske inte så skarp. Medan marknadssystem som grundar sig på det 200-dagars glidande medeltalet hade imponerande rekord under tidigare sekelskiftet, har de blivit betydligt mindre framgångsrika under de senaste decennierna till det att vissa öppet spekulerar att de inte längre arbetar. Faktum är att aktiemarknaden sedan 1990 faktiskt har presterat bättre än genomsnittet efter försäljningssignaler från 200-dagars glidande medelvärde. Detta illustreras väl i den bifogade tabellen. Säljsignaler var de dagar då SampP 500 sjönk under sitt 200-dagars glidande medelvärde efter det att föregående dag var över det har det varit 85 sådana händelser sedan början av 1990. Avkastningen i tabellen återspeglar den utdelningsjusterade avkastningen på Hela aktiemarknaden (som bedömts av index som Wilshire 5000 W5000, -0.31). Nästa fyra veckor Observera från bordet att aktiemarknaden under 12-månadershorisonten var lite lägre än genomsnittet efter säljsignaler från 200-dagars glidande medelvärde. Men med tanke på variabiliteten i data visar denna skillnad i avkastning inte att vara signifikant vid den 95 konfidensnivå som statistiker ofta lita på för att dra slutsatsen att ett mönster är äkta. Förresten är skillnaden i 26 veckors (sexmånaders) avkastning inte heller signifikant. Men resultaten i fyra och 13 veckorna är ganska signifikanta. Tänk bara på sista gången SampP 500 sjönk under sitt 200-dagars glidande medelvärde som var i november 2012, strax efter det månaderna presidentvalet. Aktiemarknaden återupptog nästan sin kraftfulla rally, och Wilshire 5000 var mer än 3 högre på en månadstid, 12 högre under nästa kvartal och 32 högre under det följande året. Ett nästan identiskt resultat var resultatet av den tidigare tiden SampP 500 sänktes under sitt 200-dagars glidande medelvärde, i juni 2012. Naturligtvis har marknaden inte alltid utfört så imponerande i kölvattnet av en säljsignal från 200-dagars rörelsen Genomsnittet, men under de senaste årtiondena har det varit mer regeln än undantaget. Förvisso målar resultaten före 1990-talet en annan historia. Så, för att bestämma ditt svar på marknadens nuvarande kränkning av 200-dagars glidande medelvärde, måste du bestämma om de senaste decennierna bara är en avvikelse eller istället om något mer eller mindre permanent har förändrats som gör det rörliga Genomsnittet är mindre effektivt. Ett viktigt strå i vinden i detta avseende är forskning som utförs av Blake LeBaron, en brandeisuniversitets finansprofessor. Han fann att glidande medelvärden av olika längder slutade fungera i början av 1990-talet, inte bara på aktiemarknaden utan även på valutamarknaden. Eftersom dessa två marknader inte är kopplade på något uppenbart sätt, skulle det annars förklara varför glidande medelvärden skulle misslyckas samtidigt i båda. LeBarons forskning ger stöd för dem som tror att de rörliga medelvärdena bleknande effektivitet är mer än bara en fluke. Vad som kan ha orsakat det händer LeBaron spekulerar på att det kan vara sammanflödet av flera faktorer. En stor, berättade han för mig, skulle kunna vara tillkomsten av billig onlinehandel, särskilt skapandet av börshandlade fonder som gjorde det mycket lättare att handla in och ut av värdepapper enligt det rörliga genomsnittet. En annan faktor, sade han, kan vara den glidande medelvärdet popularitet. När fler investerare börjar följa ett system börjar dess potential att slå marknaden förångas. I vilket fall som helst är det värt att betona att resultaten som presenteras här inte nödvändigtvis betyder att de inte var på en björnmarknad. Vad de menar: Om det nu fanns på en björnmarknad, kommer det att vara av andra skäl förutom överträdelsen av 200-dagars glidande medelvärde. Copyright copy2017 MarketWatch, Inc. Alla rättigheter förbehållna. Intradag Data tillhandahållen av SIX Financial Information och med förbehåll för användarvillkor. Historisk och aktuell slutändad data tillhandahållen av SIX Financial Information. Intradagdata fördröjd per utbytesbehov. SampPDow Jones Index (SM) från Dow Jones Amp Company, Inc. Alla citat är i lokal utbytes tid. Realtids senaste försäljningsdata från NASDAQ. Mer information om NASDAQ-handlade symboler och deras nuvarande finansiella status. Intradagdata försenas 15 minuter för Nasdaq, och 20 minuter för andra utbyten. SampPDow Jones Index (SM) från Dow Jones Amp Company, Inc. SEHK intraday data tillhandahålls av SIX Financial Information och är minst 60 minuter försenad. Alla citat är i lokal utbytes tid. Inga resultat hittadesGrayscale Flyttande medelvärde I svaret på detta inlägg av Todd Johnson-4 I beskrivningen säger han att han vill flytta över en cirkel åt gången. Konfolutionen filter i ImageJ skulle flytta en pixel i taget skulle det inte jag tror att detta skulle fungera bra, eftersom de enda pixelvärden man skulle önska skulle vara de där kärnan faktiskt raderar upp med cirklarna. Jag är inte säker på vilka värden du försöker få. Vill du ha ett genomsnitt för varje horisontell kvot, där varje rad består av två rader av cirklar Eller vill du ha ett nummer för den första gruppen 2x2-cirklar, ett annat nummer för det andra osv. Hur som helst tror jag att det finns en partikelanalysator Som kan hitta och mäta det genomsnittliga gråskalvärdet för varje cirkel och sätta dem i resultaten. Då är det enkelt att lägga in det i ett kalkylblad och få det du söker efter. Du kan också skriva en speciell convolution-funktion där varje steg var storleken på avståndet mellan cirklar, men detta fungerar bara om du vet innan handen precis där cirklarna befinner sig i varje bild, och jag tror att partikelanalysatorn är lättare ändå. På 102606 skrev H. Gluender lithidden email gt: gt gtI är ny på ImageJ. Jag har en bild av många gråskala cirklar nära gt gttogether på en svart bakgrund. Jag gillar att genomsnitts gråskalan över gt gta 2x2 cirkelmatris (rektangulärt område plus bakgrund). Flytta sedan till gt gtside en cirkel och upprepa, få ett glidande medelvärde av de genomsnittliga gt gtgrayscale värdena längs den horisontella axeln. Flytta sedan ner en cirkel så att du får en annan datamängd med en horisontell axel etc. Slutligen tycker jag om att gtobtain gråskala värden längs den vertikala axeln i samma metod. Gt gtHvad är det enklaste sättet gt gt gtThanks, Todd Johnson gt gt gt gt Kära Todd Johnson, gt gt om jag förstår dig rätt, vill du göra vad som kallas lowpass gt filtrering av en bild genom att convolving den med den beskrivna kärnan. Gt gt För att göra så definierar du bara kärnan i quotProcess gt Filters gt gt Convolve. Citationstecken och klicka på ok. Den resulterande bilden består då av gt-genomsnittsvärdena du letar efter. Gt gt HTH gt - gt gt gt Her gt gt gt ------------------------ gt gtgendender. de gt gtImage Intensitetsbehandling Ljusstyrka är den visuella uppfattningen Av reflekterat ljus. Ökad ljusstyrka hänför sig till en bild ökad luminans. Kontrast är åtskillnaden mellan de ljusaste och mörkaste delarna av en bild. En ökning i kontrast kommer att mörka skuggor och lätta höjdpunkter. Ökad kontrast används vanligtvis för att göra objekt i en bild mer distinkt. Justera ljusstyrkan och kontrast med bildjustering BrightnessContrast. För att göra visualisering av bilden lättare. Tryck på knappen Auto för att applicera en intelligent kontraststräcka på bildskärmen. Ljusstyrka och kontrast justeras med hänsyn till bildhistogrammet. Om du trycker på upprepade gånger ökar knappen procentandelen mättade pixlar. Återställningsknappen gör max 0 och minst 255 i 8-bitars bilder och maximalt och minimalt lika med de minsta och största pixelvärdena i bildhistogrammet för 16-bitars bilder. Om den automatiska knappen inte ger ett önskvärt resultat, använd verktyget region av intresse (ROI) för att välja en del av cellen och någon bakgrund och tryck sedan på knappen Auto igen. Sträckan kommer då att baseras på ROI-intensiteten. Om du trycker på Apply-knappen ändras permanent de faktiska gråvärdena för bilden. Om du bara analyserar bildintensiteten, tryck inte på den här knappen. Om du föredrar att bilden ska visas som svart till vitt snarare än vitt på svart, använd sedan inverterat kommando: Image Lookup Tables Invert LUT. Kommandot Edit Invert inverterar pixelvärdena själva permanent. Få intensitetsvärden från en enskild ROI Om du arbetar med en stapel kan den markerade avkastningen analyseras med kommandot: Bildstackar Plot Z Axis Profile. Detta genererar en enda kolumn med siffror - en skivintensitet per rad. Kolumnens 6 främsta rader är detaljer om avkastningen. Detta gör att samma avkastning inte analyseras två gånger och låter dig spara några intressanta avkastningar. Detaljerna består av område, x-koordinat, y-koordinat, AR, rundhet och soliditet i avkastningen. Om avkastningen är ett ROI-värde i stället för en squaregtoval, verkar det som om avkastningen är en ovaltsquare. Den (ovala) avkastningen kan återställas genom att ange detaljerna som uppmanas av kommandot Edit Selection Restore Selection (snabbtangent: Ctrl Shift E). Resultaten visas i ett tomtfönster med ROI-detaljerna i plottfönsterets titel. Plot innehåller knapparna Lista, Spara, Kopiera. Knappen Kopiera sätter data i klippbordet så det kan klistras in i ett Excel-ark. Inställningarna för kopieringsknappen finns under Redigera alternativ Profilplottalternativ. Rekommenderade inställningar inkluderar: Spara inte x-värden (förhindrar skivnummerdata som klistras in i Excel) och Autoclose så att du inte behöver stänga det analyserade diagrammet varje gång. Dynamisk intensitet vs Tidsanalys Plugin Plot Z Axis Profile (det här är Z Profiler från Kevin (Gali) Baler (Gliblr at Yahoo) och Wayne Rasband omdirigeras helt enkelt) kommer att övervaka intensiteten av en rörlig avkastning med hjälp av ett partikelspårningsverktyg. Detta verktyg kan vara antingen manuellt eller automatiskt. Använd kommandot Image Stacks Plot Z Axis Profile. Få intensitetsvärden från flera ROI Du kan analysera flera avkastningar på en gång med Bob Doughertys Multi Measure plugin. Den inbyggda ROI-managerfunktionen gör ett liknande jobb, men genererar inte resultaten i sorterade kolumner. Kolla Bobs webbplats för uppdateringar. Multi-plugin som följer med installationen är v3.2. Öppna konfokalserier och ta bort bakgrunden (Se Bakgrundskorrigering) Generera en referensstapel för tillägg av avkastning. Använd Image Stacks Z-project-funktionen och välj medelvärdet. Byt namn på den här bilden något minnesvärt. Öppna Plugin Manager-plugin (Analysera Verktyg Roi Manager eller verktygsfält ikon). Välj ROI och Lägg till i ROI-hanteraren. Klicka på Visa alla-knappen för att undvika att analysera samma cell två gånger. Efter att ha valt ROI som ska analyseras i referensbilden kan du rita dem till referensbilden genom att klicka på Moregtgt-knappen och välja Draw. Spara referensbilden till experimentdatamappen och klicka sedan på stapeln som ska analyseras. Klicka på knappen Moregtgt i ROI-hanteraren och välj Multi Measure-knappen för att mäta alla ROI. Klicka på Ok. Detta lägger värden från varje skiva till en enda rad med flera kolumner per skiva. Genom att klicka på Mät alla 50 skivor läggs alla värden från alla skivor och varje avkastning i en enda kolumn. Gå till fönstret Resultat och välj menyalternativet Edit Select All. . Då EditCopy. Gå till Excel och klistra in i data. Kontrollera att allt har klistras in korrekt 10. För att kopiera ROI-koordinater till Excel-kalkylbladet behöver det finnas en tom rad över intensitetsdata. Använd dialogrutan Multi Measurement och klicka på knappen Kopiera listan. 14. I Excel klickar du på den tomma cellen ovanför den första datakolonnen och klistrar in i ROI-koordinaterna. Spara avkastningen med multimåttknappen Spara. Lägg dem i den experimentella datamappen. ROI kan öppnas senare antingen individuellt med knappen Öppna eller allt på en gång med knappen Öppna alla. Ovala och rektangulära avkastningar kan återställas individuellt från x, y, l, h-värdena med plugin ROI Specify ROI. kommando. Ratiometrisk bildbehandling jämför uppspelningen av två olika signaler för att se om det finns några likheter mellan dem. Det görs genom att dela en kanal med en annan kanal för att producera en tredje ratiometrisk kanal. Denna teknik är användbar eftersom den korrigerar för färgläckage, ojämn färgning och fotblegning. Ett exempel på applikation skulle mäta intracellulär jon, pH och spänningsdynamik i realtid. Bakgrundssubtraktion behövs innan analys av bilder med dubbla kanalförhållanden. Se även bakgrundskorrigeringsavsnittet. RatioProfiler-plugin kommer att utföra ratiometrisk analys av en enda ROI på en dubbelkanal mellanliggande stapel. De udda skivorna är kanal 1 bilder och de jämn skivorna är kanal 2 bilder. Om dina två kanaler öppnas som separata staplar, som Zeiss, kan de två kanalerna interfolieras (blandas genom att växla mellan dem) med menykommandon Plugins Stacks - Shuffling Stack Interleaver. Pluggen kommer att generera en grön plot av förhållandevärdena. Ch1Ch2 är standard och du kan få Ch2Ch1 om plugin körs med Alt-tangenten neråt. Det kommer även att generera en andra plot av intensiteten hos de enskilda kanalerna, Ch1 och Ch2, samt en resultattabell. Den första raden i resultattabellen innehåller värden för räntan x, y, bredd och höjd. Från den andra raden nedåt är den första kolumnen tiden (skivnummer), den andra kolumnen är Ch1-medelintensiteten och den tredje kanalen är Ch2-medelintensiteten och förhållandevärdet. Stacken måste ha sitt ramintervall kalibrerat för att Time-värdet ska vara i sekunder. Annars är det skivor. Ramintervallet kan ställas in för stapeln via menykommandot Bildegenskaper. Denna tabell kan kopieras till urklippet och klistras på annat håll med menyn Edit Edit All. Ratio Analys Använda ROI-hanterare 1.Tryck bakgrunden från bilden. 2. Öppna ROI-hanteraren (Analysera Verktygs ROI-hanterare.) Och klicka på Visa alla-knappen. 3. Välj de celler som ska analyseras och lägg till dem i ROI-hanteraren (Lägg till knapp eller tangentbord T-tangenten). 4. Kör plugin. Resultatfönstret innehåller medelvärdet av ch1 och ch2 och deras förhållande. Varje rad är en tidpunkt (skiva). Den första raden innehåller ROI-detaljerna. För att generera en referensbild: Placera stapeln med menykommandot (Bildstack Z-projekt med Projektionstyp: Maximal), Justera ljusstyrka och kontrast om det behövs. Välj den nya bilden och klicka på knappen Mer i ROI-hanteraren. Välj sedan Etikett. Hämta tidsstämpeldata LSM Verktygslåda är ett projekt som syftar till att integrera gemensamma användbara funktioner runt Zeiss LSM-filformat, vilket skulle öka användbarheten hos konfokala LSM-filer som hålls i sitt ursprungliga format och därigenom bevara all tillgänglig metadata. I Fiji är motsvarande kommandon: Fil Importera Visa LSMToolbox som visar verktygslådan, från vilken alla kommandon kan ringas och Hjälp om plugin LSMToolbox. Som visar information om plugin. Denna läsning kan hittas genom att använda menykommandot Bildvisningsinfo. . Bläddra ner för att få den tid varje skiva förvärvades. Markera den här tiden, kopiera den till Excel och hitta det tidsnummer som erhållits genom att använda Excel-menykommandot Redigera Byt ut. Detta lämnar endast tidsdata. Den förflutna tiden kan sedan beräknas genom att subtrahera rad 1 från alla efterföljande rader. Linescanning innebär att man får en enda linje, en pixel i bredd, från ett gemensamt konfokalmikroskop istället för en standard 2D-bild. Det här är oftast ett snabbare sätt att ta en bild. Alla pixel-breda bilderna staplas sedan för att återskapa 2D-bilden. En pseudo-linescan generera en 3-D (x, y, t) bild. Det är användbart för visning av 3-D-data i 2 dimensioner. En intressant räckvidd ritas följt av kommandot: Bildstacklåsning eller med tangentbordsknappen. Det kommer att fråga dig linjebredden som du vill bli genomsnittlig. Det kommer att generera en pseudo-linescan stack med varje skiva som representerar pseudo-linescan av en enkel pixel bred linje längs linjen av intresse. Medelvärdet pseudo-linescan stack genom att välja Image Stacks Z-Project. Och använd kommandot Average. En poly-linje kan användas, men detta kommer bara att generera en enda pixelskiva. Fijis standardinställningar förutsätter att staplar är z-serier snarare än t-serier. Det betyder att många funktioner relaterade till en tredimensionell bildstapel hänvisas till med en z-. Håll bara detta i åtanke. FRAP (Fluorescensåterställning Efter Photobleaching) Analys FRAP profiler plugin analyserar intensiteten hos en blekt ROI över tiden och normaliserar den mot intensiteten hos hela cellen. Därefter kommer den att hitta minsta intensitet i det blekta avkastningen och passa återhämtningen med den här punkten i åtanke. Öppna ROI-hanteraren. Rita runt det blekta avkastningen och lägg till det i avkastningsinställningen. Rita runt hela cellen och lägg till den i ROI-hanteraren. Normaliseringen korrigerar för blekning som inträffar under bildförvärv och förutsätter att hela cellen ligger i synfältet. Plugin antar den större av de två avkastningarna i ROI-hanteraren är hela mobilavkastningen och att den mindre avkastningen är den blekta delen. Kör FRAP profiler plugin. Pluggen kommer att returnera intensiteten vs tidpunkten, normaliserad intensitet vs tidpunkt för det blekta området och kurvanpassningen. Icke-linjär kontraststräckning Equalization Du kan få mer kontroll över ljusstyrka och kontrastjusteringar med kommandot Förbättra kontrast meny. Med en stapel analyserar den varje skivhistogram för att göra justeringen. Kommandot Equalize Contrast applicerar en icke-linjär sträcka av histogrammet baserat på kvadratroten av dess intensitet. Gamma utför en icke-linjär histogramjustering. Svaga föremål blir intensiva medan ljusa föremål inte gör det (gamma lt1). Även objekt med medelintensitet blir svagare medan ljusa objekt inte (gamma gt 1). Intensiteten hos varje pixel höjs till kraften i gammavärdet och sedan skalas till 8 bitar eller min och max 16 bitars bilder. För 8-bitars bilder Ny intensitet 255 (gammal intensitet255) gamma Gamma kan justeras via kommandot Process Math Gamma. Det låter dig justera gamma med rullningsfältet. Klicka på Ok när du är klar. Du kan använda rullningsfältet för att bestämma önskat gamma-värde på en skiva av din stapel. Det finns också ett alternativ att förhandsgranska resultaten. Se online-referensen för en förklaring av digitala filter och hur de fungerar. Filter kan hittas med hjälp av menykommandot Processfilters. . Medelfilter. Pixeln ersätts med genomsnittet av sig själv och dess grannar inom den angivna radien. Menyalternativet Process Smooth är ett 33 medelfilter. Gaussian filter. Detta liknar ett utjämningsfilter men ersätter istället pixelvärdet med ett värde som är proportionellt mot en normal distribution av sina grannar. Medianfilter. Pixelvärdet ersätts med medianen av sig själv och dess angränsande grannar. Detta tar bort buller och bevarar gränserna bättre än enkla medelfiltrering. Menyalternativet Process Noise Despeckle är ett 33-medianfilter. Convolve filter: Detta gör det möjligt att multiplicera två arrayer med siffror. Arrayerna kan vara olika storlekar men måste ha samma dimension. I bildanalys används denna process generellt för att producera en utmatningsbild där pixelvärdena är linjära kombinationer av vissa inmatningsvärden. Minsta: Detta filter, även känt som ett erosionsfilter, är ett morfologiskt filter som betraktar grannskapet kring varje pixel och bestämmer minimivärdet från denna lista över grannar. Varje pixel i bilden ersätts sedan med det resulterande värdet som genereras av varje grannskap. Maximalt: Detta filter, även känt som ett dilatationsfilter, är ett morfologiskt filter som betraktar grannskapet kring varje pixel och bestämmer maximalt värde från denna lista över grannar. Varje pixel i bilden ersätts sedan med det resulterande värdet som genereras av varje grannskap. Kalman filter. Detta filter, även känt som den linjära kvadratiska uppskattningen, fungerar rekursivt på bullriga ingångar för att beräkna en statistiskt optimal uppskattning av det underliggande systemtillståndet. Bakgrundskorrigering kan göras på flera sätt. En enkel metod är att använda Image Lookup Tables HiLo LUT för att visa nollvärden som blå och vita värden (pixelvärde 255) som röda. Med en bakgrund som är relativt jämn över bilden, tar du bort den med kommandot BrightnessContrast genom att långsamt höja minimivärdet tills det mesta av bakgrunden visas blå. Tryck på Apply-knappen för att göra en permanent ändring. Bakgrundskorrigering för rullande bollar För att fixa en ojämn bakgrund, använd menykommandot Process Subtraher Background. Detta kommer att använda en rullande bollalgoritm på ojämn bakgrund. Radien bör vara inställd på åtminstone storleken på det största objektet som inte ingår i bakgrunden. Det kan också användas för att ta bort bakgrunden från geler där bakgrunden är vit. Att köra kommandot flera gånger kan ge bättre resultat. Användaren kan välja om den ska ha en ljus bakgrund, skapa en bakgrund utan subtraktion, ha en glidande paraboloid, inaktivera utjämning eller förhandsgranska resultaten. Standardvärdet för rullande bollradie är 50 pixlar. Process Subtrahera Bakgrund.